Alcuni studenti della Cornell University hanno
sviluppato un software basato sul Web che confronta le "firme" genetiche dei
batteri e aiuta i ricercatori ad analizzare le epidemie e a stabilire la biodiversità dei
batteri.
Per i ricercatori che seguono la
diffusione dei batteri virulenti, il PathogenTraker riduce il tempo passato a confrontare
i ceppi da giorni a poche ore o minuti.
"Prima del PathogenTracker - ha
spiegato Martin Wiedmann - in questo laboratorio usavamo tre diversi database e due fogli
elettronici." Il nuovo database permette il confronto delle caratteristiche dei ceppi
dei batteri e delle immagini del sottotipo molecolare. Con questo strumento è possibile
assemblare i dati sui sottotipi provenienti da vari laboratori, per analizzare le epidemie
di molte malattie infettive.
Un embrione del software fu sviluppato da
Wiedmann per limitare i danni di una epidemia che uccise 21 persone, contagiate da un raro
ceppo di Listeria monocytogenes proveniente da hot-dog avariati. Grazie al lavoro dei
ricercatori fu possibile stabilire molto rapidamente la causa dell'epidemia e ritirare dal
mercato tutti gli hot-dog incriminati. Quella prima versione del software fu in grado di
scoprire che sette dei quindici campioni analizzati erano identici.
Uno degli studenti che hanno sviluppato
il nuovo database iniziò con l'assemblare le caratteristiche patogene di cui avrebbe
avuto bisogno, fra cui la sequenza del DNA e le caratteristiche del fenotipo. L'anno
scorso, poi, con l'aiuto di alcuni studenti di informatica il database è stato reso
disponibile in rete e dotato di capacità di riconoscimenti delle immagini.
Al momento il database contiene i dati di
migliaia di patogeni, come: L. monocytogenes, Pseudomonas, Vibrio parahaemolyticuse
Streptococcus.
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